Nei primi anni di missione in Argentina, Padre Juan Bertolone fu missionario a Viedma e a Carmen de Patagones. Uno dei primi incarichi che svolse fu quello di assistente, catechista e professore di diverse materie nello studentato di filosofia a Viedma. Dal 1966 al ’68 Padre Giovanni fu missionario a Carmen di Patagones, paese della provincia di Buenos Aires, in cui ricoprì anche il ruolo di vice parroco nell’anno tra il 1969 ed il 1970. Fu poi trasferito nel 1971 a General Conesa, località di 6000 abitanti a 150 chilometri di distanza nella provincia del Rio Negro al nord della Patagonia, e lì fu parroco fino al 1976.
Le preziose testimonianze di coloro che hanno conosciuto Padre Juan durante il periodo di missione
«Iniziò il suo primo Oratorio nel Collegio San José – così ricordano Padre Giovanni Bertolone alcuni testimoni – utilizzando il cortile e tre sale. Si poteva giocare nel cortile a calcio e nella veranda con i diversi giochi che lui aveva portato. A chi vinceva Padre Juan consegnava buoni con i quali si potevano ricevere diversi oggetti religiosi o dolciumi. Lui stesso realizzava le sagome con stampi di gomma e gesso e poi le dipingeva in vari colori. In una delle aule, Padre Juan insegnava dattilografia a tutti coloro che lo desideravano, utilizzando le macchine da scrivere che era riuscito ad avere».
Il missionario salesiano chierese aveva anche l’abitudine di recarsi in visita alle famiglie. Juan Pedro Jauge, i cui genitori aiutavano volentieri Padre Juan per quanto era nelle loro possibilità ha raccontato: «Padre Juan era solito venire a trovare i miei genitori per parlare con loro. Una volta, all’ora della merenda, mia madre gli servì un té con biscotti e le sorprese mentre ne metteva alcuni nel borsello. Lo riprese in modo affettuoso, perché sapeva che avrebbe dato quei biscotti a chi non ne aveva. Lo faceva spesso, a volte privandosi del suo cibo».